Alors que l'intérêt pour les sciences naturelles grandit dans l'Autunois-Morvan, la Société Eduenne, présidée par Gabriel Bulliot, occupe une place considérable dans le paysage culturel local. Elle se consacre notamment aux campagnes de fouilles archéologiques portant en particulier sur le site du Mont Beuvray.
L'un des animateurs de la vie autunoise, Victor Berthier, sollicite Gabriel Bulliot la possibilité de créer une société indépendante, dédiée aux sciences naturelles.
La Société d'histoire naturelle d'Autun (SHNA) voit le jour !
Au terme de dix années d'existence, la SHNA compte déjà près de 600 membres et correspond avec de nombreuses sociétés savantes d'Europe, à l'origine de son importante bibliothèque.
Dans le même temps, elle a pu réunir des collections à l'intérêt scientifique reconnu. Son rayonnement augmente et les contacts réguliers avec le Muséum national d'histoire naturelle, aidé en cela par Alfred Lacroix, se renforcent.
Forte de l'augmentation rapide du nombre d'adhérents, la SHNA continue de publier régulièrement son bulletin. Il connaît d'ailleurs une importante diffusion jusqu'à la Première Guerre mondiale. Le bulletin trouve un équilibre entre les travaux d'intérêt local et ceux qui couvrent un champ de recherche plus ambitieux.
Cette année-là, la jeune association est reconnue d'utilité publique.
Comme le remarque Albert Gaudry, dans la Revue des deux Mondes, «La ville d'Autun est celle de France et peut-être du monde entier qui possède la Société la plus nombreuse comparativement à sa population.»
À la même époque, la SHNA, notamment sous l'impulsion du prospecteur Hippolyte Marlot, joue un rôle important dans la recherche de minerais radifères en France. Ses trouvailles sont utilisées par Marie Curie et Jacques Danne, préparateur de Pierre Curie.
Au cours des années suivantes, elle continue de réunir d'importantes collections dans le domaine de la géologie, minéralogie, paléontologie, et des sciences de la vie végétale et animale.
C'est un coup très dur pour la SHNA qui perd certains de ses membres éminents et la publication de son célèbre bulletin n'est plus aussi régulière.
Les importantes publications d'Alexis Chemette sur les gisements de fluorine du Massif-central, travaux pionniers qui ont fait de lui une des sommités mondiales dans l'étude de cette substance minérale, émergent.
La SHNA connaît un renouveau. Elle profite de l'activité déployée par Jacques de La Comble et de la venue, dans le Morvan, des prospecteurs du CEA, en quête de minerais uranifères. Implantés à Grury et Saint-Symphorien-de-Marmagne, grands utilisateurs de la bibliothèque de la SHNA, ils adhèrent en masse à celle-ci. Parmi eux, certains participeront activement aux travaux de la SHNA, en particulier MM. Carrat et Boulitrop.
Au cours des années suivantes, Jacques de La Comble, qui cumule les fonctions de secrétaire général de la SHNA et conservateur de ses collections, poursuit son action en vue de redonner à la société savante son lustre perdu. Dès le lendemain de la Seconde Guerre mondiale, la SHNA prend une place importante dans la création de l'Association départementale des sociétés scientifiques de Saône-et-Loire.
Les excursions et les conférences reprennent. Elles atteignent rapidement un rythme soutenu. C'est à cette époque que naît l'exposition mycologique annuelle de la SHNA, grand moment de la vie culturelle et scientifique d'Autun.
Quant à Jacques de La Comble, il multiplie les communications ornithologiques.
Un pont est jeté entre le passé et le présent, puisque les fondateurs de la SHNA ne sont pas oubliés, en particulier Bernard Renault qui fut son premier président.
Dans le même temps, les jeunes naturalistes autunois s'organisent pour former la section de recherches, d'études scientifiques. Elle sera à l'origine des semaines de recherches et d'études scientifiques organisées par la SHNA et qui ont fortement contribué à son rayonnement régional.
Les publications reprennent.
La SHNA a relancé la publication régulière de son bulletin scientifique.
Dans ces premiers bulletins, quelques futurs grands noms de la paléontologie présentent leurs recherches. C'est notamment le cas de D. Heyler avec les résultats de ses recherches sur les Branchiosaurus de l'Autunois.
Une grande partie des 300 échantillons sur lesquels il a travaillé provenait des collections de la SHNA. La société est aussi associée aux travaux conduits par Feys et Greber, du Bureau de Recherches Géologiques et Minières, sur la compréhension du bassin d'Epinac-Autun et plus généralement sur les terrains permiens et carbonifères du plateau central.
La mairie d'Autun achète un hôtel particulier, destiné à accueillir les collections de la SHNA, qui comprennent aujourd'hui 800 000 échantillons, classés depuis 1958. La volonté est de faciliter leur accès et leur communication, à la fois pour un public curieux, voire éclairé, mais aussi pour les scientifiques.
Le muséum d'histoire naturelle Jacques de La Comble est ainsi créé et, depuis, le partenariat n'a jamais cessé avec la SHNA.
Mise en place de l’Observatoire de la Faune de Bourgogne (OFAB).
Co-gestion de l’Astabase Bourgogne avec le Parc naturel régional du Morvan et le GEB.
Mise en place de la Bourgogne Base Fauna (BBF).
Lancement d’E‑Observations et signature officielle de la Charte BBF.
Lancement de l’Atlas de Côte-d’Or de la faune sauvage et de ses habitats.
Sortie des Atlas sur les Amphibiens, les Reptiles de Bourgogne et les papillons de Bourgogne et Franche-Comté.
Sortie de l’ouvrage «Faune de Côte-d’Or».