La botanique est intimement liée à l’histoire de la SHNA. À la création de l'association, elle est, avec la paléontologie, la discipline la plus active sous l’impulsion du docteur François-Xavier Gillot et son projet de catalogue des plantes de Saône-et-Loire qui mobilisa les botanistes de tout le département. Parmi eux, se trouvaient Charles Ozanon, connu pour ses recherches sur le phylloxera, Emile Chateau, instituteur et précurseur de la phytosociologie, et son collègue François Chassignolavec lequel il acheva le catalogue publié par la Physiophile (Montceau-les-Mines) dans les années 1920.

D’importants herbiers ont été constitués et donnés à la société, collections aujourd’hui conservées par le Muséum d’histoire naturelle Jacques de La Comble à Autun et représentant environ 300000 planches. Leurs restauration et numérisation sont actuellement au cœur des activités botaniques de la société avec des séances ouvertes à tous.

La découverte des sentiers de randonnées de Côte-d’Or fait la part belle à la botanique selon la saison, tout comme les sorties «historiques» sur les traces des sociétaires du 19e et du début du 20e siècle. Enfin, des ateliers consacrés à la détermination des plantes sont proposés, en partie sur le terrain, en partie en salle; ces ateliers sont ouverts à tous quelque soit le niveau des participants.

La zoologie constitue l'une des disciplines principales de l'association. Dans le cadre de son programme l'Observatoire de la faune de Bourgogne lancé en 2000 en collaboration avec le Parc naturel régional du Morvan, elle étudie une diversité de groupes taxonomiques : les mammifères, les oiseaux, les reptiles, les amphibiens, les crustacés et les insectes.

L'équipe salariée de la SHNA-OFAB est dédiée à la zoologie et plusieurs membres du conseil d'administration sont également des spécialites de la faune.

La mycologie n’est certes pas la discipline essentielle de la SHNA, bien qu’elle y soit présente depuis l’origine. Il ne faut pas oublier cependant que les champignons jouent un rôle essentiel dans les écosystèmes ! Mycorhizes, maladies, décompositions, fermentations, entre autres, et, on le sait maintenant, des échanges de certaines formes d’informations entre les arbres.

De 1880 à 1888, L. Lucand a publié « Figures peintes des champignons, suites à l’iconographie de Bulliard  » dont les aquarelles originales sont conservées au Muséum Jacques de la Comble à Autun. Il poursuivait le travail de Grognot et de Carion dont une partie des herbiers sont aussi à Autun. Puis de 1889 à 1891, il publie avec FX. Gillot le « Catalogue raisonné des champignons supérieurs (hyménomycètes) des environs d’Autun et du département de Saône-et-Loire  » dans les premiers bulletins de la SHNA (II, III et IV) … Un siècle plus tard, J. Lagey, J.P. Dechaume et R. Pillon publient « Les champignons du Morvan  », ouvrage certes de bien moindre envergure.

Restent bien sûr les expositions mycologiques, événements qui attirent un large public chaque année depuis 1948, avec plusieurs centaines d’espèces exposées, et ce sont d’ailleurs les expositions de la SHNA à St-Brisson pour le PNRM qui sont à l’origine de la fête de l’automne.

Enfin des sorties sur le terrain permettent aux partipants de reconnaître les principaux genres et espèces et d’appréhender un peu la complexité de ce règne.